Los orígenes de la Facultad de Ciencias se remontan a 1947, cuando entonces Facultad de Ciencias Físicas y Matemática (ahora Facultad de Ingeniería), se creó el Departamento de Ciencias Naturales con el propósito de formar profesionales en biología, física, matemática y química.

Pronto el Departamento se transformó en Escuela de Ciencias, que es incorporada posteriormente a la Facultad de Farmacia, hasta que en 1958 se convierte en la Facultad de Ciencias con tres Escuelas: Biología, Física y Matemática, y Química. La fundación de la Facultad se produjo bajo la gestión del Rector Francisco De Venanzi y su primer Decano fue el Profesor Francisco Texera. Al momento de su fundación la Facultad apenas contaba con unos 100 estudiantes y menos de 50 profesores. A estas cuatro disciplinas iniciales se agregaron luego las de Computación (1968) y Geoquímica (1996).

En 1974 se iniciaron los estudios de postgrado con la creación del curso en Geoquímica. A partir de 1976 se inician estudios de IV Nivel en Física, Matemática y Ciencia y Tecnología de Alimentos. En 1981 se crearon los Postgrados en Biología con menciones en Biología Celular, Botánica, Zoología y Ecología, sucedidos por el de Química en 1982, Computación e Instrumentación en 1986.

La investigación científica básica y aplicada fue la base fundamental sobre la cual descansaron sus estudios desde su fundación. No se concibe la docencia en ciencias sin una actividad de investigación que le dé sustento. Pronto las necesidades del país y los requerimientos de la ciencia moderna, demandaron la creación de unidades de investigación cada vez más complejas e interactivas, algunas de las cuales se encuentran ubicadas dentro de las Escuelas y otras se han nucleado en Institutos y Centros de Investigación.

A partir de los orígenes enlazados con la Facultad de Ingeniería, inicialmente se constituyó el Instituto de Química, que luego se convirtió en el actual Instituto de Ciencias de la Tierra. El Instituto de Zoología Tropical nació a partir de investigadores agrupados en el Museo de Biología de la UCV. Posteriormente se fundó el Instituto de Ciencia y Tecnología de los Alimentos y más recientemente el Instituto de Biología Experimental.

La interacción con el entorno social se ha establecido no sólo a través del aporte de la formación de personal científico especializado, sino también mediante el vínculo de la cooperación inter-institucional y los servicios prestados a la comunidad.

La historia de la Facultad puede ser contada con la voz de sus casi 7.000 egresados, quienes han sembrado a lo largo de nuestra geografía el culto a la búsqueda de la verdad. Nuevas Facultades de Ciencias en casi todas las universidades del país han sido fundadas por nuestros calificados egresados, Facultades que reproducen la misión de investigar, educar y divulgar la ciencia en Venezuela.

Actualmente conforman la Facultad de Ciencias de la Universidad Central de Venezuela las escuelas de Biología, Computación, Física, Matemática y Química.